أنشأ مكتب التدقيق الداخلي في الجامعة بقرار من معالي الرئيس الأعلى للجامعة لسنة 2013م وذلك لأداء نشاط رقابي توكيدي واستشاري بشكل موضوعي ومستقل، ويعمل على إضافة القيمة والتحسين والمساعدة في تحقيق الأهداف من خلال منهج نظامي منضبط لتقييم وتحسين فاعلية نظم إدارة المخاطر ونظم عمليات الضبط الداخلي وآليات الرقابة / الحوكمة الأخرى وبما يتماشى مع أفضل المعايير والممارسات المهنية العالمية.