الهدف الرئيسي للمركز الوطني للمياه والطاقة هو توفير بيئة عمل جماعي تتسم بروح الفريق الواحد متعدد التخصصات وقادر على تحديد سيناريوهات التنمية المستقبلية المناسبة التي تؤدي إلى استخدام أكثر مرونة واستدامة لموارد المياه والطاقة. يهدف المركز إلى اتباع نهج شامل ومبتكر للبحث والتطوير واعتماد التقنيات الحديثة لوضع حلول وبدائل تساهم في جميع أهداف التنمية المتعلقة بالمياه والطاقة. علاوة على ذلك، يتطلع المركز إلى حل المشكلات المتعلقة بموارد المياه والطاقة والأنظمة البيئية في المناطق الجافة وشبه الجافة، وخاصة في دولة الإمارات العربية المتحدة. ويسعى المركز الوطني للمياه والطاقة إلى أن يحتل مكانته كأحد أفضل مراكز الأبحاث على المستوى الدولي في المجالات المعنية. تشمل الأهداف المركز، على سبيل المثال لا الحصر، التالي:
