يعتبر المركز الوطني للمياه والطاقة واحداَ من مراكز البحوث العلمية بجامعة الإمارات العربية المتحدة، تحت إدارة النائب المشارك للبحث العلمي بالجامعة. تضم الهيئة الإدارية للمركز المجلس الاستشاري والمدير ونائب المدير ووحدة الدعم الإداري. يحتوي المركز على ثلاثة أقسام رئيسية تشمل موارد المياه والطاقة والبيئة. ويضم المركز ثلاث مجموعات بحثية رئيسية: مجموعة أبحاث موارد المياه ومجموعة أبحاث الطاقة ومجموعة أبحاث البيئة. تنقسم مجموعة موارد المياه إلى مجالين فرعيين وهما موارد المياه التقليدية (المياه السطحية / الأمطار والمياه الجوفية) وموارد المياه غير التقليدية (تحلية المياه ومياه الصرف الصحي المعالجة). وتتألف مجموعة الطاقة من ثلاثة مجالات بحثية تشمل حصاد الطاقة (الطاقة الحرارية والطاقة المتجددة)، وتخزين الطاقة، وكفاءة الطاقة. أما مجموعة أبحاث البيئة فتنقسم إلى أربعة مجالات بحثية تشمل جودة الهواء والتربة والمياه ودراسات تغير المناخ.
