تتمحور رؤية المركز الوطني للمياه بإجراء البحوث ونشر المعرفة حول الموارد المائية بدولة الإمارات العربية المتحدة والمناطق القاحلة المجاورة وذلك عن طريق دعم أصحاب القرار بطرق الإدارة المتكاملة لمصادر المياه وتحقيق الأمن المائي.
يقوم المركز الوطني للمياه بإجراء البحوث العلمية والتطبيقية لمواجهة شح المياه وإدارة مصادر المياه وكذلك تطوير الحلول العلمية المؤدية إلى استدامة مصادر المياه.