يقوم المركز الوطني للمياه بإجراء البحوث التطبيقية في المجالات التالية:
الإدارة المتكاملة للمياه: الاستراتيجيات والأساليب والأدوات.
تطبيقات الاستشعار عن بعد في مجال الهيدرولوجيا وإدارة الموارد الطبيعية.
تحلية مياه البحر (الحراري والتناضح العكسي).
إعادة تغذية المياه الجوفية من السدود.
تخزين المياه الجوفية واستردادها.
دراسات حول المياه السطحية والجوفية.
معالجة مياه الصرف الصحي.
تلوث المياه ونوعيتها.
إعادة استخدام المياه.
نقل المياه وإمدادات المياه المنزلية المستدامة (تصميم وتنفيذ).
إدارة الري.
التكيف مع تغير المناخ والتخفيف من آثاره.
نمذجة البيانات لدراسة موارد المياه السطحية والجوفية.
نظم المعلومات الجغرافية.
تسعيرة المياه.
سياسات المياه.